Cytospace是面向复杂网络 软件分析的开源，可以帮助用户对数据进行整合、分析和可视化。它支持多种网络描述格式，也可以使用制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者使用/[/k2。

支持多种标准

Cytoscape支持许多标准网络和注释文件格式，包括SIF(简单交互格式)、GML、XGMML、BioPax、PSI-MI、GraphML、KGML (KeggXML)、SBML、OBO和基因关联。SIF(简单交互格式)、GML、XGMML、BioPax、PSI-MI、GraphML、KGML (Kegg XML)、SBML、OBO和基因协会。有限的文本文件和MS Excel也支持？工作簿，您可以导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如expression spectrum或GO comments。有了这个功能，你可以在节点、边和网络上加载和保存任何属性。例如，为您的蛋白质输入一组自定义注释术语，并为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信度值。

公共数据库客户端

Cytoscape作为网络服务客户端工作，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。目前，我们支持通路共用，完整，生物玛特和NCBI Entrez基因。我们将继续为流行的数据库开发新的服务客户端。

互用性

由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，您可以轻松地将Cytoscape放入您的工作流程中。例如，如果您有一个由igraph或Bioconductor生成的网络数据，Cytoscape可以将该文件作为文本表格加载，并以PSI-MI格式导出，用于其他生物信息学工具或您自己的应用程序/脚本。

从3.3版本开始，Cytoscape支持对RESTful API的编程访问。可以使用自己选择的编程语言访问Cytoscape 功能的核心，比如创建网络、应用布局或者导出图像。

会话文件

你可以一键保存你的工作。所有设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。这就是所谓的细胞景观会议。cys)文件。Cytoscape会话文件包括网络、属性(节点/边网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边、窗口大小)、属性、一些插件状态和视觉样式。

总体布局

二维空间中的布局网络。有许多布局算法可供选择，包括圆形、树形、面向力、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

图像导出

您可以将网络导出为可以发布的高质量图像。支持PDF，PS，SVG，PNG，JPEG，bmp文件。矢量图像(PDF和PS)可以被其他应用程序(如Adobe Illustrator)修改以进一步增强它们。

VizMapper

使用强大的VisualStyles自定义网络数据显示。查看网络上基因表达比例和p值的叠加情况。可以根据用户配置的颜色和可视化方案，将表达的数据映射到节点颜色、标签、边框粗细或边框颜色。

撒

Filter 网络根据当前数据选择节点和/或交互的子集。例如，用户可以根据基因表达数据加载的p值，选择参与交互的节点的阈值数量、共享特定GO注释的节点、或者在一个或多个条件下基因表达水平显著变化的节点。您可以从过滤的结果中创建新的网络。

恢复

从搜索窗口中搜索目标节点和边。Lucene语法支持任何复杂的查询。

浏览

放大/缩小和平移以浏览网络。您可以使用网络管理器轻松组织多个网络。并且该结构可以保存在会话文件中。鸟瞰视图，轻松浏览large 网络。通过高效的渲染引擎轻松浏览大型网络(100，000+个节点和边)。

查找模块/集群

查找活动的sub 网络/ path模块。根据基因表达数据对网络进行了筛选，发现了相互作用的连锁集，即交互作用子网络，其基因表现出特别高的差异表达水平。每个sub 网络中包含的相互作用为控制观察到的表达变化的调节和信号转导相互作用提供了假设。在任何装载到Cytoscape的网络中发现簇(高度互连的区域)。根据网络的类型，集群的含义可能不同。例如，蛋白质-蛋白质相互作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一部分。蛋白质相似性网络中的簇代表蛋白质家族。

应用管理器和应用商店

用于网络和分子图谱分析的应用程序。Cytoscape是一个用Java写的软件。通过编写Java代码，可以编写自己的App，用于数据分析、导入和可视化。更多应用可以在Cytoscape应用商店中找到。你可以在应用管理器中一键安装大部分应用，或者直接从App Store安装(这是Cytoscape 3的一个功能)。

更新日志

Cytoscape 3.8是Cytoscape的桌面版，更新了用户界面和渲染引擎。

更快的渲染速度

渲染性能得到提升，与large 网络的交互得到优化。Cytoscape现在为网络提供了一种交互式用户体验，具有多达10，000个节点和3，000，000条边。

新面板选项

您的Cytoscape工作区现在可以通过新的工作区面板系统定制您的可用屏幕空间。面板现在可以最小化，设置为浮动，或停靠在工作区中。

自定义工具栏

现在，您可以选择项目何时出现在工具栏中，从而减少混乱并让您快速访问最常用的工具。

更新的分析仪应用程序

网络分析器的核心应用程序已经过重新设计。用户界面得到了改进，并增加了对Cytoscape自动化的支持，以便从脚本和分析工作流程中轻松访问。

标签重新定位工具

现在可以在网络视图中快速直观地定位标签。

CyBrowser JavaFX更新

Cytoscape的web浏览器CyBrowser已更新为使用JavaFX 13。CyBrowser现在与现代网页和应用程序更加兼容。

支持Java 11

Cytoscape兼容Java 11，并与最新的Java支持保持一致。Cytoscape与一个AdoptOpenjdk JVM捆绑在一起。

CyNDEx-2更新

CyNDEx-2已更新为支持Swing用户界面，这大大减少了启动时间并提高了稳定性。

CX支持更新

对CX数据交换格式的支持不断完善，这促进了Cytoscape桌面和其他生态系统组件之间网络数据的可靠传输。